Диагноз и дифференциальный диагноз хронических энтероколитов у детей часто представляет определенные трудности: во-первых, отсутствуют клинические симптомы и признаки, характерные только для данного заболевания; во-вторых, поражение кишечника протекает не изолировано, а чаще всего в патологический процесс вовлекаются функционально и морфологически связанные с ним другие органы системы пищеварения; в-третьих, для данной патологии характерно развитие не только местных, но и общих симптомов, в основе которых лежит расстройство разных видов обмена веществ, возникающее вследствие нарушения процессов абсорбции в желудочно-кишечном тракте. Следует отметить, что в амбулаторных условиях энтероколиты у детей диагностируются лишь в 17—20% случаев, в подавляющем большинстве случаев ставится диагноз «поражение желудка, печени», либо изменения со стороны кишечника вообще игнорируются педиатрами, которые считают их временными, преходящими, возникающими под влиянием одноразовых, кратковременных воздействий внешних, чаще всего алиментарных факторов.